Warna Hijau tua dan muda : mewakili lingkungan pesantren.
Warna Merah : Mewakili kekuatan / penguatan.
Warna Oranye : mewakili sesuatu yang fresh, aktif, dan giat dalam suatu kegiatan.
Segitiga gabungan huruf Y dan P : berarti gabungan antara kekuatan yang menunjukan peran yang kuat dalam segala kegiatan.
Bentuk keseluruhan mengadopsi bentuk siluet huruf dari Y dan P yang dibuat agak membulat pada sudutnya melambangkan eksibelitas namun tetap kokoh dan modern.
Tulisan ‘YAYASAN PENGUATAN PERAN PESANTREN INDONESIA’ dibuat melingkar divisualisasikan dengan konsep mengelilingi logo agar membentuk shape lingkaran yang dinamis, dengan latar hijau yang sekaligus mempertegas identitas dari YP3I sendiri.
Singkatan YP3I dibuat agar logo ini mudah diingat dan dibaca